Svenska kyrkan i Vänersborg styrs av förtroendevalda medlemmar, vilka väljs i kyrkovalet vart fjärde år.

Samfällda kyrkofullmäktige beslutar i ärenden av större vikt såsom mål och riktlinjer för verksamheten samt budget och kyrkoavgift.

Det gemensamma ansvaret för begravningsverksamhet, fastighetsförvaltning, ekonomi och personal ligger på kyrkonämnden.

De två församlingarnas kyrkoråd svarar var för sig för församlingsverksamheten.

Kyrkoherden leder och samordnar det dagliga arbetet.